这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
主人公汐崎春乃是一名住在父母经营的“NIWA旅店”的高中二年级学生，每天骑着本田生产的轻便摩托车去上学。春乃并非对周围的人和生活环境有所不满，但是心中却有一个朦朦胧胧的理想，那就是想去大都市看一看，想做一点什么特别的事情。后来，春乃在旅店里认识了骑着“LITTLECUB”的镝木小夜和骑着“BENLY”的别所杏里等朋友，然后向前迈出了新的一步…
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
