未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
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故事发生在以音乐为中心、次文化兴盛的涩谷，与能映射出人们内心“真正的心愿”的「世界」中。某天，一直用音乐给人们带去力量的虚拟歌手初音未来，发现自己的歌声无论怎样都无法传达出去……而一群在「世界」中追寻音乐梦想的少年少女们与初音未来相遇，共同寻找着可以让初音未来“将歌声传达出去”的方法。
一对年轻夫妇生活在2220年贫瘠、后世界末日的布达佩斯，为了食物和生活而奋斗。
在浩瀚的宇宙深处，驻扎在某小行星的地球联邦军队凯西堡垒遭到宿敌虫子大军的攻击。强袭舰雅丽莎号的彪勇战将奉命救援，在这个沦陷的基地内，却发生令人费解的一幕。超能力战略官员卡尔·詹金斯博士将卡门所负责的战列舰约翰·A·沃顿号的指挥权夺走，不知下落。战争的最后，雅丽莎号的战士们救出幸存者，小星星也在爆炸中灰飞烟灭。为了查清消失的战列舰的下落，强尼·瑞克命令返航途中的雅丽莎号迅速掉转船头，追赶约翰·A·沃顿号。效用彪悍的勇士们合二为一，开始了新的漫漫征途……
为了让变成鬼的妹妹祢豆子重新变回人类，灶门炭治郎加入了猎鬼组织“鬼杀队”，与同伴我妻善逸、嘴平伊之助一同对抗各类恶鬼，在成长的过程中彼此间的友情与羁绊也日益加深。此后，炭治郎与“鬼杀队”中最高级别的剑士“柱”们数次并肩作战。为备战即将到来的决战，炭治郎正与队员们一同挑战由“柱”们主持的联合强化训练时，鬼舞辻无惨突然现身于产屋敷宅邸。炭治郎与众“柱”虽为解救身处危机的主公大人而火速赶到，却遭无惨之手打入了一个神秘空间。炭治郎等人坠落之处，正是鬼的大本营“无限城”——“鬼杀队”与“鬼”的决战，就此拉开序幕。
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
