这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
作为侯爵家的四子诞生的少年范恩自幼便被称为神童，备受期待。8岁时，他获得了被认为是毫无用处的「生产系魔术」。因此，他被父亲认为不配作为贵族，并遭到家族流放。因此，范恩被父亲认为不适合作为贵族，并被贴上失格的标签，随后被逐出家门。之后，范恩成为了一个无名边境村的领主，然而这个看似没用的生产系魔术，其实只要有材料就能生产任何东西，潜力惊人。在范恩的带领下，原本贫瘠的小村庄逐渐吸引各方人士，最终发展成为一座巨大的都市。
本作以温泉涌动的海滨城市热海为舞台，讲述经营小型洗衣店的主角金目绵花奈与身边众人交织的温情故事。开朗勤劳的金目虽热爱温泉，却因两年前的事故渐渐失去旧时记忆......
